A mitjan segle XVIII, les aigües del port interior de Barcelona van quedar gairebé intransitables a causa de les sorres i sediments arrossegats pel riu Besòs. Aquests materials van superar el trencaones i es van dipositar al fons del port, fet que va fer imprescindible l’ampliació del dic per protegir l’espai portuari.

L’ampliació del port va ser confiada al noble i enginyer militar espanyol d’origen neerlandès Joris Prosper Verboom (1665-1744). Entre les actuacions previstes hi figurava la construcció d’una nova llum de recalada, que posteriorment seria coneguda com a Torre de la Llanterna i, més endavant, com a Torre del Rellotge. L’estructura, acabada el 1772 i aixecada sobre un antic baluard, substituïa la llum anterior construïda el 1616.

Amb el pas del temps, la torre es va modernitzar. El 1842 s’hi va instal·lar una llum giratòria i el 1855 es va substituir per un aparell de sisè ordre, amb un abast aproximat de nou milles i atès per dos faroners. Durant la seva etapa operativa, l’edifici també va acollir altres funcions, com la comandància de marina, la caseta de pràctics, el despatx de passaports o el control sanitari.

La progressiva ampliació del dic de l’est va deixar la torre fora de servei com a far, especialment després de l’entrada en funcionament del far del Prat l’any 1852 i, posteriorment, del far de Montjuïc el 1904. Com que l’edifici es mantenia en bon estat, es va optar per retirar la llanterna i instal·lar-hi un rellotge amb quatre esferes, una a cada façana, configurant la imatge amb què es coneix avui.

L’any 1842 es va crear la Comissió de Fars amb l’objectiu de dotar el litoral espanyol d’una xarxa moderna de llums de navegació per facilitar el trànsit marítim a les principals rutes comercials. Fins aleshores, a Catalunya només hi havia tres fars i disset més a la resta de l’Estat. Els resultats van ser ràpids: el 1858 ja funcionaven quaranta fars a les costes espanyoles.