El actual puerto de Barcelona nació en dos enclaves concretos, por un lado en el puerto más antiguo situado a la altura del barrio del Pueblo Seco (Poble Sec) junto a la montaña de Montuich. Utilizado por íberos que habitaban en un asentamiento llamado Barkeno y romanos con atarazanas propias, pero con una gran desventaja, sus playas y bancos de arena dificultaban el acceso de los barcos al puerto y el desembarco de las mercancías y los pasajeros. Con el paso del tiempo fue decayendo su actividad en favor del nuevo puerto romano de la colonia militar próxima llamada: Iulia Augusta Faventia Paterna Barcino.

El puerto romano de Barcino se hallaba situado en las cercanías del Monte Taber, el actual casco antiguo o gótico con la calle Regomir como punto de entrada a la ciudad por el lado de mar. Barcino disponía de una ventaja geográfica en el fondo marino próximo a la costa del que carecía el antiguo puerto de la zona del Pueblo Seco, una falla tectónica que impedía la generación de bancos de arena próximas a la ciudad, aunque no estaba del todo extenta de este problema, esta característica natural ofrecía la posibilidad a los buques de acercarse lo máximo posible a las murallas, en concreto cerca de la puerta Decumana o Puerta de Mar y permitía el acceso a este puerto de naves con gran calado como las onerariae, estos barcos de mercancías podían tener distintos tamaños con una media de 100 toneladas de capacidad de carga o su equivalente en 3.000 ánforas.

A finales del siglo I a.C. el puerto de Barcino permitió la importación y exportación de mercancías locales y romanas, además de ejercer de punto de entrada y salida de la compleja logística de la estructura militar del imperio en dirección al norte de la península.

Más tarde en el siglo XIV el Rey Pedro III (1240-1285) pone en marcha la ampliación de la muralla de la ciudad y construcción de las Atarazanas Reales (Reials Drassanes) en sustitución de las antiguas que estaban ubicadas en el viejo puerto en la zona del Pueblo Seco, a la vez que estas nuevas instalaciones venían a sustituir a las también antiguas atarazanas romanas que estaban ubicadas en la antigua entrada de Barcelona a la altura de la actual calle de la Fusteria, en las proximidades de lo que hoy en día es la calle Regomir. Su construcción se interrumpió por una serie de temporales pero en 1378 se retomó bajo el reinado de Pedro IV (1319-1387).
En estas nuevas Atarazanas se construyó toda la flota de galeras de la armada del Rey de Aragón.

Hasta 1439 todo aquel buque que quisiera comerciar en Barcelona debía de fondear en lo que debía de quedar del antiguo puerto romano frente a la muralla y a la Puerta de Mar (Portal de Mar), o delante de la costa en las playas y transportar la carga y los pasajeros de los barcos en barcazas, pronto se vio más que necesaria la construcción de un nuevo puerto ante el aumento del tráfico y de mercancías.
Fue el Rey Alfonso el Magnanimo (1396-1458) quien autorizó a los Consejeros de Barcelona la construcción de un puerto nuevo, en 1477 se inició la construcción de un muelle y un dique en la zona aprovechando la forma natural de lo que entonces se llamaba la Isla de Maians situada en el actual barrio de la Barceloneta, el muelle pasaría a llamarse de la Santa Cruz (Santa Creu) y el dique del Este con terreno ganado al mar que posteriormente fue ampliado en varias fases en 1590, 1679 y 1720, a fin de construir un puerto seguro.

Entre 1751 y 1772 en el Dique del Este que más tarde se convertiría en el Muelle de los Pescadores (Moll dels Pescadors) de la actualidad, se construyó la Torre de la Linterna (Torre de la Llanterna) para ser utilizada como linterna de recalada, al perder su utilidad la linterna sería sustituida por un reloj en 1904, cambiando así también su nombre a Torre del Reloj (Torre del Rellotge).

Los sedimentos transportados por las corrientes del litoral, las corrientes marinas y los que se depositaban por la desembocadura del rio Besós, añadiendo además a las torrenteras que desembocaban en la costa, pronto dificultaron la navegación del puerto disminuyendo la profundidad y dificultando así la entrada y salida de buques, para solucionarlo se prolongó la escollera en el periodo de 1812 a 1882.

Con la llegada de la Revolución Industrial y la adopción de la propulsión a vapor en la navegación marítima se hizo necesario ampliar de nuevo las instalaciones portuarias de Barcelona. Los buques cada vez eran más grandes, tenían más capacidad de carga y más calado, por lo que no era necesario sino imprescindible el acondicionar el puerto para estas naves.

El 11 de diciembre de 1868 el Ministerio de Fomento aprobó la creación de la Junta de Obras de Puerto, en su primera reunión se aprobó la creación de un muelle transversal, el muelle de Barcelona.

A principios del Siglo XX el puerto de Barcelona recibió un gran impulso, se construyeron nuevos muelles, se modernizaron las instalaciones, se prolongó el dique del este, dando forma a lo que después se conocería como “el rompeolas” y se construyeron también los muelles interiores.
En 1931 se finaliza la construcción de las torres del teleférico que conectan el puerto con la montaña de Montjuich. La primera torre llamada de San Sebastián está situada en la Barceloneta con una altura de 78,4 metros, la segunda torre de Jaume I de 107 metros de altura y a medio camino entre la Barceloneta y Montjuich está en el muelle de Barcelona, mientras que la última estación apoyada sobre el terreno de la montaña junto a Miramar, se encuentra a una altura de 56 metros sobre el nivel del mar y ejerce de estación motora de toda la línea.

Este impulso se vio bloqueado con el periodo de ambas guerras mundiales mas la Guerra Civil española, y no fue hasta prácticamente 1960 que empezó a recuperar y reparar sus instalaciones y su actividad comercial.

En 1992 con el empuje de los Juegos Olímpicos el puerto recibió otra ola de nuevas infraestructuras con la construcción del centro comercial del Maremagnum, el Aquarium y el cine IMAX en el Muelle de España además del edificio del World Trade Center en el Muelle de Barcelona; se construye la Rambla de Mar, un puente entre el muelle del portal de la paz y el muelle de España; se acondiciona el Puerto Viejo (Port Vell) como zona de ocio; ya entrado el siglo XXI en el año 2000 se construye el puente basculante Puerta de Europa (Porta de d’Europa), el mayor puente de mundo de su tipo y en 2003 se inaugura la bocana norte situada en el rompeolas entre el muelle de Levante y el muelle de Contradique; en 2006 concretamente se comienza la construcción del Hotel W conocido popularmente como el “hotel vela” con su Plaza de Mar y junto a unas nuevas instalaciones portuarias deportivas junto a la bocana norte.

Todas estas instalaciones pertenecen al puerto interior en la zona norte, en dirección sur el puerto comercial y de transporte de mercancías se amplió enormemente llegando hasta el Prat del Llobregat, empezando por la Terminal de Contenedores de Barcelona, los muelles de Álvarez de la Campa, de Príncipe de España (Princep d’Espanya), de la Energía, de Contradique y el muelle del Prat con la Terminal BEST junto al rio Llobregat.

Y en la actualidad sigue creciendo junto a la actividad comercial de mercancías y pasajeros, está prevista la construcción de más terminales de carga mixta mediante transbordadores y la adición de nuevas terminales de cruceros en el muelle Adosado junto al rompeolas.